Análisis de propiedades microbiológicas (metagenómica)

La microbiología de suelos es la disciplina que estudia los microorganismos presentes en los suelos, sus funciones y como afectan a las propiedades edáficas, los ciclos biogeoquímicos y a las plantas, tanto cultivos como vegetación natural.

La metagenómica es un campo nuevo de la ciencia en el que se persigue obtener secuencias del genoma de los diferentes microorganismos que componen una comunidad, extrayendo y analizando su ADN de forma global. La posibilidad de secuenciar directamente los genomas de microbios, sin necesidad de cultivarlos, abre nuevas posibilidades que suponen un cambio de rumbo en la Microbiología. Este hecho es una revolución científica debido a su alto rendimiento y el bajo coste.

Los métodos moleculares basados ​​en ácidos nucleicos son en la actualidad una gran herramienta para describir la diversidad, medir la abundancia y monitorear las funciones de la biota del suelo.

Extracción de ADN.

El ADN se extrae mediante kits adecuados para las muestras específicas, realizándose controles de calidad a través de NanoDrop para verificar la correcta extracción del ADN bacteriano.

Amplificación de amplicones.

Los fragmentos de amplicón 16S se amplifican por PCR usando “fusión primers” (adaptadores de Illumina + índices + regiones específicas) dirigidos al 16S V4-V5 (principalmente Bacteria; ~ 410 pb) con multiplexación.

Secuenciación de próxima generación

Las muestras de Amplicon se ejecutan en un sistema MiSeq de Illumina utilizando una química V3 de 300 + 300 pb de extremo pareado. La salida generalmente es de ~ 20-22 millones de lecturas sin procesar y ~ 13 Gb de secuencia = ~ 50,000 lecturas por muestra

Análisis bioinformático

Los resultados bioinformáticos más comunes son:

  • Archivo FASTA de secuencias iniciales y filtradas
  • Tablas finales de ASV / OTU en formato de texto, BIOM y STAMP.
  • Archivos de asignación taxonómica en varios niveles (por ejemplo, phylum, género, etc.)
  • Índices de diversidad alfa y beta.

Análisis de propiedades físicas

Análisis de propiedades químicas

Microscopía óptica y electrónica